Par la capote

Toute l'eau qui tombe sur la capote, passe par le rain rail (en bas de la capote) et va s'écouler dans des conduits verticaux, devant les roues arrières.

Si ça rentre dans l'habitacle, c'est souvent dû aux joints qui viennent tout autour des vitres conducteur et passager.
Je ne crois pas que des évacuations bouchées puissent provoquer de l'eau dans l'habitacle.

Les bas de caisse communiquent avec l'habitacle, via un trou juste au dessus du plancher. Donc si les bas de caisse sont bien remplis d'eau (ce que semble confirmer ton commentaire sur le bruit de déplacement d'eau) ca peut rentrer dans l'habitacle
Mais on peut aussi suspecter l'entrée d'air pour la soufflerie : En général elle se trouve dans la baie de pare-brise, et si les écoulements d'eau qui sont dans les ailes avants sont bouchés, l'eau peut stagner et rentrer par là

Effectivement tu peux aussi regarder la baie de pare-brise, là ou il y a les mécanismes d'essuie-glace.

Donc débouches les trous dans les bas de caisse

+1 , dans tous les cas, il faut le faire